معماری داخلی این مسجد توسط زینب فادیلی اوغلو و معماری بخش خارجی آن توسط خسرو تایلا (Hüsrev Tayla) صورت گرفته است و بیش از بیست زن هنرمند نیز در ساخت قسمت‌های مختلف مسجد مشارکت داشته‌اند. از این رو بسیاری معتقدند که مسجد شاکرین دارای ویژگی‌های زنانه است که نوعی سبک فمینیسم را در معماری بیان می‌کند و بیان‌گر جایگاه آینده‌ی زنان در این زمینه است.
خانم اوغلو می‌گوید: «بسیاری از زنان آرزو داشتند که بتوانند چنین کاری را انجام دهند و اقدام من در ساخت این مسجد، چنین فرصتی را در آینده برای آنها ایجاد خواهد کرد.» وی در بیان طرح معماری مسجد می‌گوید: «اگر راستش را بخواهید من مساجد زیادی ندیدم و اینطور نبوده که تحقیق جامعی در مورد معماری مساجد مختلف انجام داده باشم.» وی برای پیش‌گیری از هرگونه اشکال احتمالی در سطح مسائل دینی، با محی‌الدین سرین (Mohiyeddin Serin، مورخ)، مصطفی فایدا (رییس دانشکده‌ی الهیات دانشگاه مرمره) و حسین آتای (Hüseyin Atay’ın، بنیان‌گذار دانشکده‌ی الهیات دانشگاه آنکارا) گفت‌وگو و مشاوره کرد و از راهنمایی آنها در روند طراحی مسجد بهره­مند شد.
شرح معماری
طراح مسجد شاکرین می‌گوید: «هدف از ساخت مسجد شاکرین، ترکیب تأثیرات گذشته و حال و نیز شرق و غرب است که البته برقراری تعادل در آن کار سختی است.» همین مسئله ویژگی خاص این پروژه می‌باشد. این مسجد دارای دومناره به ارتفاع ۳۵ متر، یک گنبد عظیم و یک صحن می‌باشد. مناره دوازده پله دارد که روی هریک ورقه‌هایی کار شده که نشان‌دهنده‌ی همه‌ی عالم است. در مناره به جای رنگ سبز از رنگ بژ استفاده شده است.
معمار زن این بنا به دلیل احترام و تأکید بر حقوق زنان، ورودی نمازگزاران زن و مرد را از حیث زیبایی و ابعاد، به یک اندازه در نظر گرفته است؛ چنان که مشهود است، عدالت‌محوری و یکسان‌نگری در طراحی فضاها رعایت شده است.
استخر کوچکی در ورودی مسجد قرار دارد و در مرکز این استخر، گنبدی فلزی قرار دارد که نمادی از کیهان می‌باشد و توسط مجسمه‌ساز معروف انگلیسی، ویلیام پی (William Pay) طراحی شده است. از هر زاویه‌ای که به این گنبد شفاف نگاه شود، تصویری از مسجد و مناره‌ها به چشم می‌‌آید.
شکل طراحی محراب نشان می­دهد که مانند سایر مساجد، هدفش، تنها قرارگیری رو به سوی قبله نیست. در محراب مسجد از کاشی‌های سلجوقی­-­ترکی قدیمی با رنگ فیروزه‌ای استفاده شده و نقش و نگارهای اسلامی این بخش نیز به گونه‌ای است که گویا با دست نوشته شده است.
محراب و مناره­ها را تیفون اردوگموس (Tayfun Erdoğmus)، مدیر گروه هنرهای زیبای دانشگاه مرمره، طراحی کرده است.
گنبد بزرگ مسجد شاکرین از دیگر بخش‌های این شاهکار معماری اسلامی است که با رنگ آبی خود، زیبایی این بنا را دو چندان کرده است. روی این گنبد آیاتی از سوره­ی «ملک» به صورت دست‌نویس کتابت شده است.
این گنبد از پنل­های کامپوزیت آلومینیوم، با فرم ماهی و به سبک گنبد پوسته­ای طراحی شده است و شب­هنگام در اثر نورپردازی بی­نظیر، به رنگ آبی در می­آید و اثر هنرمند انگلیسی، آرنولد چان می­باشد.
صحن داخلی مسجد نیز زیبایی خاص خود را دارد. در مرکز این صحن 99 قطعه سنگ کریستال تعبیه شده که روی هریک از این سنگ‌ها نیز یکی از نام‌های اعظم خدا با خط طلایی نگاشته شده و در پنجره‌های مسجد نیز آیات قرآن کریم با خطوط طلایی نقش بسته است.
در سه سمت از نمای مسجد از شیشه استفاده شده و این برای اولین بار بوده است که بیرون و درون یک مسجد به یک اندازه قابل دیدن می­شود. این شیشه­ها تصویر صفحات قرآن را به بیننده القا می­دارند.
در مفروش کردن مسجد سعی بر استفاده از طرحی مدرن بوده؛ بر خلاف معمول از فرش­های کرم­رنگ بسیار ساده استفاده شد و مکان نمازگزاران با خطوط قرمز­رنگ بر روی آنها نقش بسته است.

شیـوه­‌ی نـورپردازی در این مسـجد به گونه­ای­ست که علاوه بر نـور طبیـعی، انوار ساتع­شده از لوستر مسجد نیز در روشنایی فضا دخیل هستند. طرح بدیع لوستر حاصل همکاری سه هنرمند است.
این لوستر نامتقارن از پلکسی­گلس، فلز، آینه و شیشه ساخته شده و دارای کره­هایی ازجنس شیشه است. این کره‌­ها منعکس­‌کننده­‌ی بـاران نور محـبت خدا بر زمین است. موقعیت لوستر چنان است که حتا نمازگزاران زن هم دید واضحی از آن دارند.
خانم اوغـلو معتقد است که طراحی مسجـد باعث شده تا هرکس وارد این مکان می­شود، تحت تأثیر فضاسازی و انوار آن، غرق حسی روحانی شود، گویا وارد بهشت و یا خانه­‌ی حقیقی خود شده است.
در مسجد شاکرین هر روز پیش از نماز ظهر و عصر، قرآن تلاوت می‌شود و نمازگزاران با حضور در این مسجد به نوای روح‌بخش قرآن گوش فرا داده و بخشی از برنامه‌های مسجد نیز به آموزش دروس اسلامی و احکام تجوید به علاقه­‌مندان اختصاص یافته است.