کتابخانه‌­ی صومعه­‌ی سلطنتی شـامل پنج اتاق است که در دو طبقه واقع شده‌­اند. تالار اصلی که «اتاق چاپ» نیز خوانده می‌­شود، دارای تزئیناتی کاملاً متضاد با معماری ساده و بی‌­پیرایه‌­ی صومعه است. با وجود ابعاد بزرگ (10×9×54 متر)، شمار کتاب‌­های موجود در آن بسیار اندک است. قفسه‌­ی کتابی که خوان درِرا طراحی کرده، فقط تا نیمه­‌ی ارتفاع دیوار کشیده شده و بخش پایینی آن دارای سطح موربی برای مطالعه است. کف مرمری تالار سه طیف مختلف از رنگ خاکستری را در بر می‌­گیرد. اغلب نقاشی­‌های دیواری کار پِلِگرینو تیبالدی هستند و بر اساس موضوعی از پدر خوسه دِسیگِنسا، کتابدار فیلیپ دوم، کشیده شده‌­اند. سقف‌­های طاق­‌گهواره‌­ای به هفت بخش تقسیم شده که هریک نماینده‌­ی یکی از علوم مقدماتی است: دستور زبان، فن بیان، منطق، ریاضیات، موسیقی، هندسه و ستاره‌­شناسی. در امتداد دو ضلع بلندتر تالار و در بالای قفسه‌­ها، نقاشی‌­های زیبایی حاوی مضمون‌­های سرگرم­‌کننده‌­ای درباره‌­ی دانش مقدماتیِ مجسم‌­شده بر سقف بالای خود هستند؛ مثلاً در بخش مربوط به دستور زبان، تصویری از برج بابل به چشم می­‌خورد که نمادی است از سودمندی دانستن زبان‌­های گوناگون در قلمرو پهناوری همچون امپراتوری شارل پنجم و فیلیپ دوم. در دو انتهای دو تالار، دو نقاشیِ سردر به شکل نیم‌­دایره دیده می‌­شود: در وجه شمالی نمادی از فلسفه (دانش اکتسابی) به تصویر کشیده شده است و در وجه جنوبی تجسمی از الهیات (دانش شهودی). این تنها اشاره‌­ی مستقیمی است که نشان می­‌دهد کتابخانه بخشی از یک نهاد مذهبی بوده است. «اتاق بالایی» در طبقه­‌ی فوقانی، هم­‌اندازه­‌ی تالار اصلی است. در گذشته کتاب‌­های ممنوعه­‌ای در این تالار نگهداری می‌­شد که اداره‌­ی تفتیش عقاید آنها را ضبط کرده بود. اما امروزه بخش اعظم این اتاق خالی است و در وضعیت نامطلوبی قرار دارد. «اتاق تابستانی» که عمود بر تالار اصلی قرار گرفته، به دو بخش تقسیم شده است: بخش بزرگ­تر به نگهداری دست‌­نویس­‌هایی به زبان‌­های یونانی و لاتین اختصاص دارد و بخش کوچک‌­تر برای دست­‌نویس­‌های زبان­‌های دیگر (عمدتاً عربی) پیش‌­بینی شده است. «اتاق دست‌­نویس­‌ها» که قبلاً رختکن راهبان بود و در سال 1862 به کتابخانه‌­ای برای دست‌­نویس‌­های کهن تبدیل شد، با چهارده نقاشی استعاری از سده­‌ی هجدهم میلادی با مضامینی درباره­‌ی علوم مقدماتی و چهره‌­ی مشاهیر تزئین یافته است. اتاق پدر آلایخو در آتش‌­سوزی سال 1671 از بین رفت و تزئینات اولیه‌­ی خود را از دست داد. در سال 1875 نیز اتاق مطالعه‌­ی جدیدی برای استفاده از فهرست‌­ها و مطالعه به بنا افزوده شد.
راهبان صومعه سابقه و تخصصی در زمینه‌­ی کتابداری نداشتند. آریاس مونتانو، نخستین کتابدار کتابخانه‌­ی صومعه­‌ی سلطنتی، کتاب­‌ها را بر اساس شیوه­‌ی ابداعی خود منظم می­‌کرد: نخست بر اساس زبان و نوع کتاب (چاپی یا دست‌­نویس) و سپس بر اساس یکی از 64 رده­‌ی موضوعی که خود تنظیم کرده بود. برچسبی که به شیرازه‌­ی هرکتاب زده می‌­شد آنقدر بزرگ بود که کم­ و بیش کتاب‌­های مجاور را از نظر پنهان می‌­کرد. پس از مدتی به دستور شاه، کتاب­‌ها را طوری در قفسه‌­ها چیدند که شیرازه‌­شان به سمت دیوار بود تا آنها را از نور محافظت کنند. در این حالت، طبق سنتی که پسر کریستف کلمب، اِرناندو، در کتابخانه‌­ی مشهور کلمبیا در سویل پایه گذاشته بود، عنوان هر کتاب روی حاشیه­‌ی طلایی صفحات کتاب نوشته می‌­شد.کتابخانه­‌ی صومعه­‌ی سلطنتی مصیبت­‌های فراوانی از قبیل جنگ و آتش­سوزی را از سر گذراند و بسیاری از منابع آن نابود یا به شهرهای دیگر مانند مادرید منتقل شد. با این حال، صومعه و کتابخانه‌­ی اسکوریال همچنان یکی از آخرین نمونه‌­های برجسته­‌ی دغدغه‌­های ذهنی رجال رنسانس، یکی از آخرین شاهدان اوج فرهنگ ژرمنی امپراتوری مقدس روم، و یکی از درخشان­‌ترین نمادهای عصر طلایی اسپانیا به شمار می‌­رود.

تالار اصلی. مبلمان آن به وسیله­‌ی خوان درِرا، از آغازگران سبک معماری سنتی اسپانیا، طراحی شده است؛ سبکی که تا اواسط سده­‌ی بیستم نیز در این کشور ادامه یافت.