جنبه‌ی دیگر فرایند نشانه‌گذاری اولیه شامل عناصر ساختمانی ــ تیرها و ستون‌ها ــ بود. اگرچه در نگاه اول ممکن است آنها بیشتر به اجزای قراردادی ساختمان شبیه باشند، با بررسی دقیق‌تر متوجه می‌شویم که اینگونه نبوده‌اند. در واقع امکان ندارد با نگاه به تیرها و ستون‌ها به عملکرد ساختمان پی‌برد. تمامی سیستم ظاهری ساختمان ــ تیرها‌ی اکسپوز و ستون‌های مستقل ــ در حقیقت، غیر‌سازه‌ای هستند. هنگامی که متوجه این امر شدیم، اولین قدم (گر‌چه بسیار ابتدایی بود) از بین بردن مفهوم سازه‌ای آن بود. با اینکه حقیقت فیزیکی آنها چه باربر باشند، چه نباشند یکسان است، مفهوم آنها تغییر نموده و دیگر باربر نمی‌باشند و هدف بکارگیری آنها در موقعیتی خاص، اکنون باید به ‌نحوی دیگر در نظر گرفته شود. از این رو، به محض اینکه متوجه می‌شویم سازه‌ای نیستند، پس باید بپرسیم ماهیتشان چیست؟ چرا در جایی که قرار دارند، هستند؟ اگر جابجایشان کنیم و یا جای آنها را تغییر دهیم چه می‌شود؟ همچنین ممکن است بپرسیم پس اگر قرار است این ستون‌ها سازه‌ای نباشند، چرا آنها را از بالا قطع نمی‌کنیم و از سقف جدا نمی‌سازیم تا نمایان شود که به منظور دیگری به کار رفته‌اند؟ اما بریدن ستون‌ها و جدا کردن آنها از سقف، مقصود اصلی را نمی‌رساند و فورا توجه را به خود، به‌عنوان یک ستون غیر‌باربر جلب می‌نماید، در حالی که بنا بوده است آن یک نشانه یا عنصری اولیه از طرح فرمال باشد.
هدف دوم در این اثر، مبنی بر گسترش این نشانه و بکارگیری آن به‌طوری بود که ساختار کلی فرمال را ایجاد نماید و نشان دهد که از ابتدای طراحی ساختمان، مورد توجه بوده است. جهت متمرکز شدن بر این بحث، به ناچار باید به مفهوم محیط بازگردیم و بیشتر به آن بپردازیم. این بار، بیشتر به جای پرداختن به عناصر نشانه‌گذاری و مفاهیم‌شان، به ارتباط آنها با ساختار فرمال می‌پردازیم. به منظور اعمال این تغییر در خانه‌ی 1، ساختار فرمال به نوعی مورد تاکید قرار گرفت تا به نمود غالب و نمایان ساختمان بدل شود. به همین جهت، برای تاکید بر چنین ساختاری می‌بایست دو ساختار، به‌طور همزمان مطرح می‌شد، که روی هم قرار می‌گیرند و با یکدیگر در تعامل‌اند. در واقع این امر مبتنی بر ترکیب ساده‌ی دو جفت از ارجاعات فرعی، یعنی از یکسو سطوح و احجام و از سویی دیگر، روابط پیشانی مورب بودند. دو ساختار فرمال با ستون‌ها و تیرها نشانه‌گذاری شده‌اند و در حقیقت، این دو با الگویی مرتب، مانند شبکه‌ی ستونی، ایجاد نشده‌اند که در چنین موقعیتی به‌عنوان ارجاعی خنثی و یا باقیمانده‌ی شبکاتی به نظر آیند، بلکه تعمدا تصادفی چیده شده‌اند. هدف این امر را اینگونه می‌توان شرح داد: در نمونه‌ی اول، فضا به ‌صورت لایه‌بندی شطرنجی سطوح (لایه‌بندی متقاطع) تصور می‌شوند و ستون‌ها و تیرهای راست‌خط، طوری به کار گرفته شده‌اند که در ادامه و به نوعی باقیمانده‌‌ی این سطوح به نظر آیند. از طرفی دیگر، ستون‌های مدور برای نشانه‌گذاری تقاطع میان این دو سطح، مورد استفاده قرار گرفته‌اند که با پیوست به این تقاطع، ممکن بود در صورت مربعی بودن ستون‌ها، احجامی ‌را به ‌‌وجود می‌آوردند. مدور بودن ستون‌ها، این تفسیر را که ستون‌ها به‌عنوان زوایای باقیمانده‌ی احجام هستند، رد می‌کند. در مورد دوم، سه ستون به ‌دلیل حالت خاصشان (ستون چهارم بر روی زمین علامت‌گذاری شده است)، نوعی سیستم قطری را نشان می‌دهد که به این صورت تفسیر می‌شود: اگر هر دو جفت ستون‌های مدور و تیرها در کل فضا گسترده می‌شدند (تصویر 5)، علی‌رغم گرد بودن ستون‌ها، به‌عنوان بخشی از لایه‌بندی جلویی به نظر می‌رسیدند. اما با بردن این دو ستون ــ ستون مدور در فضا و دیگری متصل به دیوار (تصویر 6) و همچنین بخش‌هایی از تیرها که به ستون مرتبط می‌شوند، قطری تلویحی ایجاد می گردد.
هدف، استفاده از ستون‌ها و تیرها برای نشان دادن دو سیستم، بدون ترجیح یکی بر دیگری بود. نقطه‌ی تقابل این دو سیستم فرمال ــ لایه‌بندی سطوح جلویی و تغییر قطری حجمی ــ روی هم قرار گرفته و در تعامل با یکدیگر می‌باشند و از این خوانش، یک سیستم فرمال منسجم را که مستقیما از حقایق فیزیکی به دست می‌آید، دشوارتر می‌سازد و این هدف را که به منظور درک این علامت‌ها لازم است فعالیت‌های دو سیستم به صورت مجزا در ذهن تصور شوند، تقویت می‌نماید.
معمولا چنین نشانه‌گذاری روابط فرمال در محیط واقعی از دغدغه‌های معماران در خصوص سیستم‌های فرمال بوده است؛ اما این اثر یک قدم پیش تر می‌رود. اگر ماهیت معنا را در هر متن و ناحیه‌ای بررسی نماییم، متوجه می‌شویم که دو جنبه دارد: نخست، جنبه‌ی شمایل‌نگارانه و نمادین است که از ارتباط فرم با برخی ارجاعات خارجی آن برگرفته می‌شود. به‌طور مثال، همجواری خاص احجام، ستون‌ها، پنجره‌ها و نرده‌ها در ویلای ساووآ به‌عنوان یادآوری آشکار اَبَرساختاری کشتی‌های مدرن و تمامی مفاهیم مرتبط با دریا، یعنی اکتشاف، تازگی و غلبه‌ی انسان بر طبیعت است. اما آن سطح معنا، متضمن جنبه‌ی دیگری نیز هست که خود منشا بالقوه‌ی اطلاعات است و هر‌گونه تفسیر شمایل‌نگارانه را مشروط می‌نماید و احجام، ویدها و ستون‌ها در پوآسی، اشارتی به ورودی، ترتیب و مسیر حرکت، رابطه‌ی فضاهای باز و بسته، مرکز و محیط و غیره را برای ما فراهم می‌سازند. در حقیقت می‌توان گفت این اطلاعلات، ثمره‌ی ساختار درونی‌ خود فرم است و در حالی که روابط فرمال می‌توانند به نوعی در محیط عینی وجود داشته باشند که از طریق حواسمان (بینایی، شنوایی و لامسه) قابل مشاهده باشند، آنها می‌توانند به نوع دیگری نیز وجود داشته باشند و گرچه قابل مشاهده نبوده؛ اما قابل درک ‌باشند. لازم به ذکر است این جنبه‌ی دوم، یکی از عناصر اصلی محیط است که چگونگی درک ما از سطح را با ایجاد ساختاری جهت رهنمون‌های قابل مشاهده فراهم می‌سازد و از آنجایی که قابلیت شناخته شدن دارد، باید آگاه باشیم که این شناسایی چگونه رخ می‌دهد. اگر ما این سطوح را در محیط نشان دهیم، آنگاه می‌توان آنها را به وضوح مشاهده و درک نمود. این در واقع در سومین جنبه‌ی این اثر می‌باشد؛ یعنی تمرکز بیشتر بر روی ساختار تلویحی و روابط آن دو با یکدیگر به جای ساختار واقعی.
این دو سطح ممکن است به‌عنوان دامنه‌ای از فرم‌های باقاعده‌ی انتزاعی‌تر و در عین حال کلی‌تر تصور شوند که در هر‌گونه مفهومی از فضای فیزیکی وجود دارند. این قواعد فرمال به این مفهوم کلی است که چنین مفاهیمی مانند حجم و وید، مرکزی و خطی، سطحی (دو وجهی) و حجمی، مفاهیم اولیه‌ای هستند که غیر‌قابل‌ حذف می‌باشند و با مقاومت در برابر هر‌گونه مفهوم فضایی وجود دارند. در واقع، علاوه بر ‌این قواعد غیر‌قابل حذف، این سطح همچنین شامل دگرگونی‌های لازم جهت ایجاد محیطی خاص می‌شود که این تغییرات و دگرگونی‌ها را می‌توان با اقداماتی فرمال از جمله برش، فشار و چرخش برای ایجاد مقطعی نوین از اطلاعات فرمال در هر‌گونه محیط فیزیکی، توصیف کرد. در اینجا، باز هم از علامت‌گذاری برای نشان دادن تعامل میان این دو سطح بهره‌برداری شده است. در حقیقت، محیط فیزیکی را نه‌تنها می‌توان در جنبه‌ی عملکردی و شمایل‌نگارانه‌اش مشاهده نمود، بلکه در بعد فرمال نیز نمایان است ــ و از مجموعه‌ قواعد فرمالی به ‌وجود می آیند تا به‌عنوان ساختار عمیق توصیف شوند. قابل ذکر است که این تغییرات و قواعد، وجود خارجی ندارند، بلکه تنها توصیفی از سطح دوم روابط فرمال می‌باشند؛ به عبارتی دیگر، الگویی محتمل برای ساختار معماری عمیق هستند.
یکی از راه‌های ایجاد ساختار عمیق در محیطی آشکار و خاص، ترغیب فرد به تجربه‌ی محیط به‌عنوان یک سیستم نشانه‌گذاری می‌باشد که رابطه‌ی قابل شناسایی‌ای با ساختار عمیق دارد و این امر به شرح ذیل در خانه‌ی 1 لحاظ شده است: ابتدا، مجموعه ی روابط فرمالی که در فضای واقعی وجود دارد (سطوح موازی و احجام قطری) میان فضای واقعی و ضمنی، تقابل ایجاد می‌نماید. این تقابل در درجه‌ی اول، بیننده را متوجه حضور سطح دیگری از ساختار می‌کند و سپس دو مجموعه‌ی علامت‌گذاری فرمال قابل تشخیص (یکی ناقص و دیگری نامتقارن) ــ از آنجایی که می‌توان قواعد کلی و متقارن را درک نمود، اضافه شده‌اند و این علائم با فرمول‌های گوناگون مانند ABABA در محیط واقعی به شرح ذیل پدیدار می‌شوند: اولین آنها، مشابه فرمول A1B1A1A1 (تصویر 3) می‌باشند و دوم، با فرمول A2B1A1B2A2 (تصویر 4) که دوره‌ی میانی B1A1 در هر دو مشترک است و هنگامی‌ که روی هم قرار می‌گیرند، ساختار زیرین، فشرده به نظر می‌رسد؛ اما وقتی در ذهن از هم فاصله می‌گیرند، خود را به صورت ساختاری متقارن، آشکار می‌سازند.
اساس خلق رابطه‌ی میان ساختار واقعی و ساختار عمیق، کاملا مبنی بر اصول اولیه و ابتدایی می‌باشد و بستگی به تغییر اولیه در امتداد قطری دارد تا دو حجم مربعی را ایجاد نماید (تصویر 1 و 2). یک مربع را می‌توان به صورت بیرون‌زده از دیگری دانست، بدان منظور که علائم سطح‌بندی شطرنجی جلویی و احجام قطری را بتوان برگرفته از سیستمی پایه‌ای‌تر و یا اساسی‌تر در نظر گرفت. حجم قطری، به‌عنوان تفکیک و تجزیه‌ی دو مسیر سطح‌بندی شطرنجی است و یا می‌توان گفت سطح‌بندی شطرنجی در نتیجه‌ی تغییر قطری می‌باشد. بنابراین، ساختار عمیق تنها از طریق درک روابط موجود میان دو ساختار فرمال در محیط واقعی نمایان می‌شود. اگرچه احتمالا بیننده این دو ساختار را در محیط واقعی درک می‌نماید، ممکن است از درک ساختار عمیق عاجز باشد، زیرا در محیط واقعی به‌ صورت گشتالت یا جزئی بی‌قاعده نمایان می‌شود. بر این اساس، روابطی مشترک میان این ساختارها با ساختار عمیق، که نامحسوس است، وجود دارد و آن هنگامی درک می‌شود که هر دو ساختار مورد بررسی قرار گیرند.
هر‌گونه محیط فیزیکی‌ای، از این ساختار ثانویه یا عمیق برخوردار است که قادر به انتقال اطلاعات حتی به ‌صورت ناخودآگاه ‌باشد و در واقع بدون اینکه آگاهانه طراحی شود، وجود دارد و با توجه به قابلیت ادراکی‌ای که هر فرد دارد، اطلاعات را انتقال می‌دهد و با نشان‌ دادن ساختار عمیق در محیط واقعی، آن را به سطح آگاهانه‌تری ارتقا می‌دهد. همان‌طور که پیش تر قید شد، هیچ قصد و نیت قبلی‌ای در بکارگیری این راهکار فرمال وجود ندارد و دو سیستمی که روی هم قرار گرفته‌اند، به خودی خود، نه خوب و نه بد هستند. در حقیقت، مقصود، نشان دادن منطق ذاتی و قابلیت بالقوه‌ی هر ساختار فرمال جهت ارائه‌‌ی بستری از مفاهیم نوین است.
به‌طور خلاصه و در نتیجه‌ی آنچه ذکر شد، سه تغییر در خانه‌ی 1 ایجاد شد که هر‌کدام سعی داشتند تا محیط فیزیکی واقعی را از روابط سنتی‌اش‌ با عملکرد و معنا جدا سازند و تاثیر آن را برای مخاطب خنثی کنند. اولین تغییر، به علامت‌گذاری عناصر در محیط واقعی پرداخت؛ دومین، به نشانه‌گذاری ساختار فرمال در محیط واقعی و نهایتا، سومین، به نشان دادن رابطه‌ی میان ساختار فرمال و ساختار عمیق پرداخت.
چنین درکی از طرح، سعی بر تغییر هدف اصلی فرم معماری از درک فضا به درک رابطه‌ی نشانه‌ها با آنچه در اینجا به‌عنوان «ساختار عمیق» نام برده شد، دارد. ظرفیت درک، در مقابل تجربه‌ی این امر، به کلی بستگی به پیشینه‌ی فرهنگی بیننده، نظرات و حالات روحی او در آن زمان مشخص که تجربه‌ی معمول او از محیط را شکل می‌دهند، ندارد بلکه بیشتر وابسته به قابلیت درونی او برای درک ساختار‌های فرمال است.
چنین موقعیتی، به‌عنوان یکی از مباحث اصلی معماری، استفاده از فرم‌های فیزیکی به‌ مثابه نشانی برای ایجاد تصویر ذهنی جدید را از آنچه در واقعیت مشاهده می‌شود، مطرح می‌سازد. هنگامی‌ که ساختار عمیق با واقعیت فیزیکی قابل درک ترکیب می‌شود، اگر به شکل دقیق ساخته شده باشد، قابلیت انتقال اطلاعات جدید را به دست می‌آورد. هر‌چه این ساختار به محیط فرمال محض نزدیک‌تر شود، مفاهیم سنتی کمتری را در‌ بر‌خواهد داشت و در نتیجه، به محیطی که همچون بستری برای انتقال چنین اطلاعات جدیدی می‌باشد، نزدیک‌تر می‌شود. برای نیل به این هـدف، اولا، باید فرم به‌طور بالقـوه قابل تفکیک از مفهوم موجودش در نظر گرفته شود و ثانیا، باید با انتقاد از موقعیت موجود معماری، قادر به تغییر و ارتقای سطح آگاهی شود.